2011年，北京藥學會通過社會組織評估，被民政部門評為“5A級社會組織”，2016年10月31日，評估小組蒞臨北京藥學會，依據民政部《社會組織評估管理辦法》和《北京市社會組織評估實施辦法》，對學會進行復評。評估組通過聽取匯報、秘書長訪談、查閱檔案、現場檢查等形式，從學習先導、基礎條件、內部治理、工作績效、社會評價等5個方面，對學會的組織建設、管理制度、各項業務和學習型組織建設進行了全面、系統的檢查，并對學會的工作成果和發展思路給予了高度評價。

薛立寧秘書長代表北京藥學會熱烈歡迎評估小組和北京市社團辦負責同志前來檢查指導工作，并向評估小組全面匯報了學會的歷史沿革、各項能力建設和創新發展情況。

評估組認真聽取了學會的工作匯報，調查了學會的會員發展情況、工作人員結構、業務經費來源、學術交流情況和承擔政府項目情況，并分頭詳細地檢查了學會的學習檔案、業務檔案和財務檔案。

現場檢查結束后，評估小組通報了對學會的初步評價，對學會的評估準備和工作成績給予了充分肯定，并對不足之處予以指點。

據了解，最終的評估結果民政部門將于2017年年初通過媒體和政府網站向社會發布。