用膠囊裝的藥物，一般都是對食道和胃粘膜有刺激性的粉末或顆粒，或口感不好 、易于揮發、在口腔中易被唾液分解，以及易吸入氣管的藥。這些藥裝入膠囊，避開了水分、空氣、光線的影響，對具不良嗅味或不穩定的藥物有一定程度上的遮蔽、保護與穩定作用，既保護了藥物藥性不被破壞，也保護了消化器官和呼吸道。去掉膠囊殼可能會造成藥物流失、藥物浪費、藥效降低。

另外，制成膠囊可延緩藥物的釋放和定位釋藥：可將藥物按需要制成緩釋顆粒裝入膠囊中，達到緩釋延效作用。如有些藥物需要在腸內溶解吸收，膠囊是一種保護，保護藥物不被胃酸破壞。

同時，膠囊劑的生物利用度較高。膠囊劑中的藥物是以粉末或顆粒狀態直接填裝于囊殼中，不受壓力等因素的影響，所以在胃腸道中迅速分散、溶出和吸收，其生物利用度將高于丸劑、片劑等劑型。一般膠囊的崩解時間是30分鐘以內，片劑、丸劑是1小時以內。

部分藥物如含油量高的藥物或液態藥物難以制成丸劑、片劑等，但可制成膠囊劑。